Das OpenMicroscopyEnvironment Remote Objects (OMERO) ist ein quelloffenes Client-Server System mit dem mikroskopische Bilddaten und -metadaten in einem Repositorium archiviert, visualisiert und mit einer Datenbank nutzbar gemacht werden [1]. Zusätzliche Metadaten und Attachments können annotiert und in der Datenbank organisiert werden. Alle gängige Mikroskopiedatenformate werden unterstützt und können als Output der Geräte mit der quelloffenen Bibliothek Bio-Formats ausgelesen und in OMERO importiert werden [2]. Wir haben OMERO als Bilddatenrepositorium untersucht und als zentrale Datenrauminfrastuktur für die Metallografie ausgewählt. Das User/Gruppenrechtesystem ist auf Basis von Windows AD und LDAP in der Institutsinfrastruktur nutzbar und organisierbar. Eine skriptgesteuerte Bildverarbeitung ist direkt mit verschiedenen Anwendungsprogrammierschnittstellen u.A. ImageJ/FiJi [4], MATLAB®, Python, JSON und C++ möglich. OMERO erfüllt die FAIR Vorgaben [3] und findet bereits seit mehreren Jahren eine breite Anwendung in der biowissenschaftlichen Gemeinschaft]

Anhand von praktischen Beispielen aus dem Fraunhofer IWM werden verschiedene Möglichkeiten der automatisierten Mikrostrukturanalyse mit OMERO vorgestellt und diskutiert:

• die technische Installation des Systems in einem internen Netzwerk einschließlich des User-/Gruppenrechtensystems und der Datenstruktur

• automatisierte Porositätsanalysen mit klassischer Bildverarbeitung mit der Anwendungsprogrammierschnittstelle zur Software ImageJ/Fiji [4]

• automatisierte Gefügeanalysen mit interaktivem Linienschnittverfahren mit der Python- Anwendungsprogrammierschnittstelle

Referenzen

[1] Chris Allan, Jean-Marie Burel, Josh Moore, Colin Blackburn, Melissa Linkert, Scott Loynton, Donald MacDonald, William J Moore, Carlos Neves, Andrew Patterson, Michael Porter, Aleksandra Tarkowska, Brian Loranger, Jerome Avondo, Ingvar Lagerstedt, Luca Lianas, Simone Leo, Katherine Hands, Ron T Hay, Ardan Patwardhan, Christoph Best, Gerard J Kleywegt, Gianluigi Zanetti & Jason R Swedlow (2012) OMERO: flexible, model-driven data management for experimental biology. Nature Methods 9, 245–253

[2] Melissa Linkert, Curtis T. Rueden, Chris Allan, Jean-Marie Burel, Will Moore, Andrew Patterson, Brian Loranger, Josh Moore, Carlos Neves, Donald MacDonald, Aleksandra Tarkowska, Caitlin Sticco, Emma Hill, Mike Rossner, Kevin W. Eliceiri, and Jason R. Swedlow (2010) Metadata matters: access to image data in the real world. The Journal of Cell Biology 189(5), 777-782. doi: 10.1083/jcb.201004104

[3] Wilkinson, M., Dumontier, M., Aalbersberg, I. et al. The FAIR Guiding Principles for scientific data management and stewardship. Sci Data 3, 160018 (2016).

[4] Schindelin, J., Arganda-Carreras, I., Frise, E., Kaynig, V., Longair, M., Pietzsch, T., … Cardona, A. (2012). Fiji: an open-source platform for biological-image analysis. Nature Methods, 9(7), 676–682. doi:10.1038/nmeth.2019