Reaktive Molekulardynamik erweitert klassische MD durch reaktionsfähige Potenziale (z. B. ReaxFF), die Bindungsbruch und -bildung erlauben. So lassen sich chemische Reaktionen, Oxidation, Pyrolyse oder Plasmareaktionen auf atomarer Skala untersuchen. In der Werkstoffwissenschaft wird sie zur Simulation von Zersetzung, Grenzflächenchemie, Korrosion, Energiematerialien und Strahlungsschäden eingesetzt und liefert zeitaufgelöste Informationen über Reaktionspfade, Diffusion und Defektentstehung.